国家特种分离膜工程技术研究中心（以下简称“中心”） 是南京工业大学设立的正处级二级机构，配备一名主任、两名副主任负责运行管理，拥有相对独立的人、财、物管理权利。聘请了11位膜领域著名专家学者及企业家担任技术委员会委员，指导“中心”的技术发展方向。 “中心”建立了完善的运营机制，如以项目团队模式为核心的用人机制、以交流协作与行业服务为基本形式的开放机制、以知识产权为纽带的利益分享机制、以持续发展为目标的运行保障机制，制定了日常经费使用管理、科研管理、人才引进与培养、安全保障等规章制度，保证“中心”稳定运行。

组建了江苏省产业技术研究院膜科学技术研究所，实施“一所两制、统一管理”的模式，依托“中心”，组建学术团队，不断产出高水平原创成果；依托南京膜材料产业技术研究院有限公司，打造江苏膜科技产业园中试基地，从事原创成果与产业技术的“工程化”及“二次开发”，强化技术转移功能。